A l'aide d'un couteau bien aiguisé, couper les oignons en tranches fines.
Défaire les tranches d'oignons en rondelles. Couper la courge musquée en 2, l épépiner et la peler, puis la couper en gros cubes de manière a obtenir 3 tasses. (réserver le reste de la courge pour un usage ultérieur)
Dans une grande casserole, faire fondre 2 cuilleres à table du beurre à feu moyen-doux. Ajouter les oignons et cuire, en brassant souvent, pendant environ 20 minutes ou jusqua ce qu ils soient dorés uniformément (ne pas les faire trop dorer, sinon ils auront un gout amer)
Ajouter la farine, le thym, le poivre et la muscade et mélanger. Cuire en brassant pendant 1 minute. Ajouter le bouillon de boeuf, le jus de pomme et le vinaigre de cidre et porter a ébullition. Réduire le feu, couvrir et laisser mijoter pendant 20 minutes ou jusqu'à ce que les oignons soient tendres sans être trop défaits.
Ajouter la courge musquée et mélanger. Couvrir et laisser mijoter pendant environ 12 minutes ou jusqua ce que la courge soit très tendre.
Entre-temps, faire fondre le reste du beurre et en badigeonner les 2 cotés des tranches de pain. Placer les tranches de pain sur une plaque de cuisson et cuire dans le tier superieur du four a 350 de 7 a 12 minutes ou jusqua ce qu'elles soient légèrement dorées et croustillantes (retourner les tranches de pain a la mi-cuisson)
A l'aide d'une louche, répartir la soupe dans 6 bols a soupe allant au four. Garnir chaque portions de 2 ou 3 croutons, puis parsemer du fromage.
Déposer les bols a soupe sur une plaque de cuisson munie de rebords. Cuire au four préchauffé a 400 pendant environ 18 minutes ou jusqu'à ce que le fromage bouillonne et soit légèrement doré.